Władimir Putin po raz pierwszy został prezydentem Rosji w roku 2000 i to wydarzenie miało duży wpływ na działalność koncernu gazowego Gazprom. Nowy prezydent niemal natychmiast podjął walkę z oligarchami oraz wprowadził nową politykę wobec największych firm, które miały nie tylko generować zyski, ale także działać w interesie państwa rosyjskiego.
Putin zarzucał osobom zarządzającym Gazpromem liczne błędy, dlatego po dojściu do władzy natychmiast zwolnił Czernomyrdina, byłego premiera Rosji, z funkcji prezesa koncernu. Razem z nim zwolniony został Rem Wiahiriew, dyrektor zarządzający Gazpromu. Zostali oni zastąpieni osobami z otoczenia Putina: Dmitrem Miedwiediewem, który później został prezydentem Rosji, oraz Aleksijem Millerem. Obaj nowi prezesi znali się z Putinem z czasów pracy w Sankt Petersburgu.
W ciągu kilku kolejnych lat państwo poprzez powiązane ze sobą spółki wykupiło nowe udziały w Gazpromie. Obecnie rząd kontroluje ponad 50% udziałów w spółce, co czyni go najważniejszym udziałowcem.